Das Ende von Far Cry 6 führt die Möglichkeit eines separaten oder weiterführenden Kanons ein, und ein scheinbar ungeschehen gemachter Tod behebt den größten Fehler von Far Cry 3.
Far Cry 6 hat zwar seine eigenen Probleme, aber eine erzählerische Entscheidung, die für das Ende getroffen wurde, könnte den größten Fehler von Far Cry 3 beheben. Die Kampagne von Far Cry 3 folgt dem Protagonisten Jason Brody, der versucht, seine Freunde auf den Rook Islands zu retten. Schon bald treffen die Spieler auf einen verdrehten, charismatischen Bösewicht namens Vaas Montenegro, dessen „Definition des Wahnsinns“-Monolog immer wieder in der Serie auftaucht. Vaas stirbt jedoch anscheinend nach etwa der Hälfte des Spiels und wird durch einen weit weniger überzeugenden Antagonisten ersetzt.
Über die Kontinuität von Far Cry 6 gibt es einige Mutmaßungen. Vor der Veröffentlichung des Spiels spekulierten einige Spieler, Diego Castillo, der Sohn des schurkischen Diktators Anton Castillo, sei eine junge Version von Vaas. Diese Theorie erwies sich als unwahr, da Diego in der letzten Konfrontation des Spiels ein tragisches Schicksal ereilte. Zum Glück scheint Vaas zurückzukehren: Obwohl die Spieler nie sein Gesicht sehen, ist seine Stimme unverkennbar die des „Schmugglers“ im Finale von Far Cry 6.
Far Cry 6 ist auch in keiner Weise ein Prequel zu Far Cry 3, da Zeitungen und aktuelle Ereignisse das Spiel im Jahr 2020 ansiedeln. Ähnlich verhält es sich mit Far Cry 3: Zeitungen und Radiosendungen verorten das Spiel im Jahr 2012. Vaas‘ offensichtliches Überleben deutet auf mehrere Dinge in Bezug auf die Kontinuität der Franchise hin; während es möglich ist, dass Far Cry 6 ein alternatives Universum oder eine Rückblende ist, ist es auch möglich, dass Vaas nie gestorben ist. Vaas‘ Tod tritt ein, während Jason unter dem Einfluss der halluzinogenen Drogen und der seltsamen Magie von Far Cry 3 steht, die nie vollständig erklärt werden, was bedeutet, dass die Figur die ganze Zeit über am Leben gewesen sein könnte.